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產品簡介
本產品是使用SYBR Green I嵌合熒光法進行qPCR反應的專用2×預混液。核心組分Taq DNA Polymerase是基于抗體法封閉的熱啟動DNA聚合酶,能有效抑制低溫條件下的非特異性擴增,同時配以針對qPCR優(yōu)化的反應Buffer,非常適合進行高特異性、高靈敏度的qPCR反應,可以在寬廣的定量區(qū)域內得到良好的標準曲線,對靶基因定量準確、重復性好、可信度高。同時本品中含有特殊的ROX Passive Reference Dye,適用于所有qPCR儀器,無需在不同的儀器上調整ROX濃度。預混液中添加有藍色染料,具有加樣示蹤作用,同時配套提供黃色模板稀釋液,當用黃色模板稀釋液稀釋模板,并將其加入到藍色反應預混液中,顏色由藍色變?yōu)榫G色,能夠對配制反應體系過程起到示蹤作用,防止漏加或錯加。該藍色與黃色染料的光譜與qPCR染料不重疊,不影響反應結果。
儲存與運輸
冰袋(wet ice)運輸;-20℃避光保存,有效期12個月。
組成
Component Number |
Component |
G3326-01 |
G3326-05 |
G3326-15 |
G3326-1 |
2×Universal Blue SYBR Green qPCR Master Mix |
1 mL |
5×1 mL |
15×1 mL |
G3326-2 |
40×Yellow Template Dilution Buffer |
1 mL |
1 mL |
1 mL |
說明書 |
1份 |
操作步驟
1. (可選)模板稀釋
本試劑盒中提供40×Yellow Template Dilution Buffer,即為40倍濃縮的黃色模板稀釋液,可用于模板稀釋,并通過液體顏色改變準確判斷模板是否已經加入到qPCR反應液中。
以20 μL qPCR反應體系為例,根據加入到20 μL qPCR反應液中稀釋后的模板量,對應原始模板稀釋方法可參考下表(以原始模板稀釋至100 μL為例):
稀釋后的模板 加入到20 μLqPCR反應液中的體積(μL) |
1 |
2 |
3 |
4 |
5 |
6 |
7 |
8 |
100 μL模板稀釋體系中加入 40×Yellow Template Dilution Buffer的體積(μL) |
50 |
25 |
16.7 |
12.5 |
10 |
8.4 |
7.2 |
6.3 |
原始模板加入到 100 μL模板稀釋體系中的體積(μL) |
x |
x |
x |
x |
x |
x |
x |
x |
補加Nuclease-Free Water的體積(μL) |
50-x |
75-x |
83.3-x |
87.5-x |
90-x |
91.6-x |
92.8-x |
93.7-x |
例:若20 μL qPCR反應體系中需加稀釋后模板2 μL。以100 μL模板稀釋體系為例,當加入原始模板體積x為20 μL時,則需加入25 μL40×Yellow Template Dilution Buffer,再補加Nuclease-Free Water 55 μL至總體積為100 μL,此時稀釋后模板中40×Yellow Template Dilution Buffer即為10×。取2 μL此稀釋后的模板加入到20 μL反應體系中,最終40×Yellow Template Dilution Buffer即為1×??傊璞WC在最終的qPCR體系中Yellow Template Dilution Buffer為1×。
注:如模板無需稀釋,或不使用G3326-2的模板稀釋液,可忽略此步驟。
2. 推薦qPCR反應體系:
Component |
20 μL rxn |
50 μL rxn |
Final Concentration |
2×Universal Blue SYBR Green qPCR Master Mix |
10 μL |
25 μL |
1× |
Forward Primer (10 μM)a |
0.4 μL |
1 μL |
0.2 μM |
Reverse Primer (10 μM)a |
0.4 μL |
1 μL |
0.2 μM |
Templateb |
Variable |
Variable |
as required |
Nuclease-Free Water |
Add to 20 μL |
Add to 50 μL |
|
a.通常引物終濃度為0.2 μM可以得到較好擴增效果。反應性能較差時,可以在0.2-1.0 μM范圍內調整引物濃度。
b.模板添加量因模板溶液中存在的靶基因的拷貝數不同而不同,進行梯度稀釋研討適當的模板添加量。在20 μL反應體系中模板DNA添加量最好在100 ng以下。以RT-PCR反應的cDNA(RT 反應液)為模板時,添加量不要超過PCR反應液總體積的10%。
3. PCR反應程序(可根據機型適當調整):
A. 兩步法 |
B. 三步法 | ||||||||
階段 |
步驟 |
循環(huán)數 |
溫度 |
時間 |
階段 |
步驟 |
循環(huán)數 |
溫度 |
時間 |
Stage 1 |
預變性 |
1 |
95℃ |
30 sec |
Stage 1 |
預變性 |
1 |
95℃ |
30 sec |
Stage 2 |
變性 |
40 |
95℃
|
15 sec |
Stage 2 |
變性 |
40 |
95℃ |
15 sec |
退火/延伸 |
60℃ |
30 seca |
退火 |
55-65℃ |
10 sec |
||||
|
|
|
延伸 |
72℃ |
30 seca |
||||
Stage 3 |
熔解曲線 |
1 |
儀器默認設置 |
Stage 3 |
熔解曲線 |
1 |
儀器默認設置 |
a:若需提高擴增特異性,可使用兩步法程序或提高退火溫度;若需提高擴增效率,可使用三步法程序或延長延伸時間。
注意事項
1. 如不需要進行移液追蹤,則不使用40×Yellow Template Dilution Buffer進行模板稀釋。
2. 試劑使用前請上下輕輕顛倒混勻,請勿渦旋振蕩混勻,避免產生氣泡。
3. 配制反應液時,試劑請于冰上放置。
4. 本制品中含有熒光染料SYBR Green,配制PCR反應液時應避免強光照射。
5. 反應液的配制、分裝請使用新的一次性槍頭,盡量避免樣品間的交叉污染。
6. 避免反復凍融Master Mix,解凍后后盡量在一個月內使用完畢。
適配機型
ABI: 5700, 7000, 7300, 7700, 7900, 7900HT, 7900 HT Fast, StepOne?, StepOne Plus?, 7500/7500 Fast, ViiA 7?, QuantStudio? 系列, PikoRealTM Cycler;
Stratagene: Mx3000P?, 3005P?, 4000?;
Bio-Rad: CFX96?, CFX384?, iCycler iQ?, iQ5?, MyiQ?, MiniOpticon?, Opticon?, Opticon 2, Chromo4?;
Eppendorf: Realplex 2s, Mastercycler? ep, realplex;
IIIumina: Eco QPCR;
Cepheid: SmartCycler?;
Qiagen Corbett: Rotor-Gene? 系列;
Roche: LightCycler? 系列;
Takara: Thermal Cycler Dice系列;
Analytikjena: qTOWER系列;
qTOWER: LineGene系列。
引物設計原則
1. 擴增產物長度建議控制在80-300 bp之間;
2. 引物長度:18-25 bp;
3. 引物中堿基G+C含量應在40%-60%之間;
4. 正向引物和反向引物的Tm值相差不超過2℃為佳,Tm值控制在58-62℃為佳;
5. 堿基分布的隨機性;
6. 引物最好不要含有自身互補序列,否則會形成發(fā)夾二級結構;
7. 兩個引物之間不應有多于4個的互補或同源堿基,不然會形成引物二聚體,尤應避免3'端的互補重疊;
8. 建議引物的3'末端堿基為G或C;
9. NCBI上的比對結果無其他非特異性產物出現。
常見問題及解決方法
問題描述 |
可能原因 |
解決辦法 |
反應結束無擴增曲線出現或者Ct值出現過晚 |
模板濃度過低 |
減少模板稀釋倍數重復實驗,樣品濃度未知的情況下先從最高濃度做起。 |
模板降解 |
重新制備模板,重復實驗。 |
|
體系中存在PCR抑制劑 |
一般為模板帶入,加大模板稀釋倍數或重新制備純度高的模板重復實驗。 |
|
引物可能降解 |
長期未用的引物,應先通過PAGE電泳檢測完整性,以排除其降解的可能。 |
|
擴增效率低 |
提高引物濃度,嘗試三步法擴增程序,或者重新設計引物。 |
|
擴增產物過長 |
擴增產物長度控制在80-300 bp。 |
|
空白對照出現信號 |
反應體系污染 |
首先更換空白對照的水,如果還發(fā)生同樣情況,繼續(xù)更換引物、吸頭、PCR管或啟用新的Master Mix; 反應體系在超凈工作臺內配制,減少氣溶膠污染。 |
出現引物二聚體等非特異性擴增 |
一般在35循環(huán)以后空白對照出現擴增產物屬正常情況,應配合熔解曲線進行分析; 重新設計引物,調整引物濃度或優(yōu)化PCR反應程序。 |
|
熔解曲線出現多峰 |
引物設計不佳 |
根據引物設計原則重新設計新引物。 |
引物濃度過高 |
適當降低引物濃度。 |
|
cDNA模板存在基因組污染 |
提取后的RNA溶液使用DNA酶進行消化,例如:dsDNase,以去除基因組污染,或設計跨內含子引物。 |
|
實驗重復性差 |
加樣誤差大 |
使用精準的移液器、配合高品質吸頭準確移液; 高倍稀釋模板,加入大體積模板減少加樣誤差; 放大qPCR反應體積。 |
模板濃度過低 |
減少模板稀釋倍數重復實驗。 |
|
qPCR儀不同位置的溫度偏差 |
定期校準qPCR儀。 |
|
擴增曲線不光滑 |
熒光信號太弱,經系統校正后產生 |
確保Master Mix中預混的染料未降解; 更換熒光信號收集更好的qPCR專用耗材。 |
擴增曲線斷裂或下滑 |
模板濃度較高,基線的終點值大于Ct值 |
減小基線終點(Ct值-3),重新分析數據。 |
個別孔擴增曲線突然驟降 |
反應管內留有氣泡 |
確保Mix完全溶解,請勿渦旋振蕩混勻; 加樣完成后輕彈離心去除氣泡; 延長預變性時間至10 min,以去除氣泡。 |
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